Bir liman kenti olarak tarihi 4 bin yıla dayanan şehrin, tercih edebileceğiniz çok farklı özellikleri bulunuyor. Hem deniz hem de orman görmek isteyenler için Köyceğiz'in Akdeniz kıyısında bulunan karadan ve denizden her zaman ulaşılabilen Ekincik Koyu ideal bir yer. Mavi yolculuğun en önemli duraklarından biri olan koy, iri kumlu plajı ve temiz denizi ile yerli ve yabancı turistlerin yoğun ilgisini çekmektedir. Sultaniye Köyü’nde mevcut olan Sıcak-Soğuk Termal Kaplıcaları, sağlık turizmi bakımından önemli bir merkez teşkil etmektedir. Romatizma, nefrit, ruhsal yorgunluk, cilt ve kadın hastalıkları, böbrek ve idrar yolları hastalıklarına iyi geldiği söylenir.

Akropol ve surları, tiyatro, Roma hamamı, kazılarda ortaya çıkan yuvarlak çeşme, tapınak ve agora kalıntılarının bulunduğu önemli ticaret merkezi olan Kaunos şehri ilçenin turizmdeki önemini arttırmaktadır.

Safari meraklılarına alternatif bir etkinlik sunan Gökçeova, Köyceğiz’de yapılabilecek tatil aktivitelerine çeşitlilik kazandırmaktadır. Güzelliğine düşkün olanlar için, Çandır Köyü Horozlar mevkiinde çamur banyoları ve tesisleri bulunmaktadır.

Bizanslılar tarafından yapıldığı tahmin edilen üzerinde birkaç su kemeri bulunan Akköprü doğal güzelliği ve tarihi değeri ile görülmeye değer yerlerden biridir. Akköprü kendi adı ile anılan köyün içinde Dalaman çayı üzerinde yapılmıştır.

Köyceğiz Gölü, Dalyan Kanalı, kaplıca ve çamur banyoları, 10 km. uzaklıktaki 800 m. rakımlı Ağla Yaylası, Şelale, Yuvarlakçay görülmeye değer yerlerdir. Dalaman Çayı, rafting ve trekking için önemlidir. Ayrıca, Dalyan'da Köyceğiz gölünü Akdeniz'e bağlayan tekne turuna katılanlar birer gizli cennet olan koyları görebilirler.

Çok sayıda uygarlığa tanıklık eden Köyceğiz’de çok sayıda tarihi kalıntılar bulunmaktadır. O günden bu güne çok sayıda uygarlık hakim olmuş ve günümüze zengin tarihi kalıntılar kalmıştır. Karyalı'lar ve Menteşoğullar’ına yurt olmuş, 2. Murat zamanında sancak haline getirilmiştir. Cumhuriyetimizin kurulması ile birlikte Muğla iline bağlı ilçe olmuştur.

M.Ö.3500-3000 yıllarında yörede uygarlık merkezi ilk Karyalılar tarafından oluşmaya başlamıştır. Sonra sırasıyla İskitler, Asurlular, İyonyalılar, Dorlar, Akalar, Persler, Hellenler, Seleykoslar, Romalılar, Selçuklular, Menteşeoğulları ve Osmanlılar yöreye yerleşmişlerdir.

M.Ö. 2000 yıllarında Yunanlılar ve Akalar sayesinde sahilde yeni koloniler kurulmuş, iç kısımlarda ise Karyalıların kolonileri ile iyi bir konuma sahip olmuştur. Köyceğiz Gölü'nün Akdeniz'le birleştiği yerde Kaunos şehri Karya'nın önemli limanlarından ve ticaret merkezlerinden biri olmuştur. Önemli tarihi eserleri arasında Akrapol, ünlü mabetler ile Harab ve Susan Kaleleri sayılabilir.

Köyceğiz adının nereden geldiğine dair efsane ise şöyledir:
Üzerinde kurulu olduğu ovanın sular altında kalmasıyla felaketin seyrine gelen insanlar gölün doğu kısmında kalan birkaç evi ve insanı görünce: "Bütün şehir batmış, sadece kıyıda bir Köyceğiz kalmış." derler. Bu olaydan sonra, bugün hala gölün altında bir batık şehir olduğu söylenir.